В состав  КУ "ДОКДЦ" в входят следующие структурные подразделения:

1. Консультативные отделения:

• консультативное отделение с автоматизированной регистратурой, неотложной помощью и приемным отделением;
• кардиодиспансерное отделение.

2. Диагностические отделения:

• отделение ультразвуковой и функциональной диагностики;
• отделение электрофизиологических исследований;
• отделение рентгендоваскулярной хирургии;
• отделение ультразвуковой диагностики;
• отделение эндоскопической диагностики;
• отделение лучевой диагностики включает рентгенологическое исследование, рентгенкомпьютерную томографию и магнитно-резонансный томограф;
• лабораторный отдел объединяет клиническую, биохимическую, бактериологическую и иммунологическую лаборатории.

3. Стационар со специализированными отделениями на 115 коек:

• отделение интервенционной кардиологии №1 на 40   коек с палатами анестезиологии и интенсивной терапии на  12 коек;
• кардиологическое отделение №2 на 40 коек;
• кардиохирургическое отделение на 30 коек с палатами анестезиологии и интенсивной терапии на 6 коек, операционным блоком;
• отделение детской кардиохирургии на 5 коек с палатой анестезиологии и интенсивной терапии на 3 койки;
• в том числе отделение анестезиологии и реанимации на 6 коек.

3. Административно-экономические службы:

• администрация;
• экономический отдел;
• бухгалтерия;
• отдел кадров;
• организационно-методическое отделение.

4. Инженерно-техническая служба:

• отделение АСУ;
• инженерная служба.

5. Вспомогательные службы:

• хозяйственная служба;
• гараж;
• пищеблок, склады;
• центральное стерилизационное отделение с дезинфекцией.